ฟิชเชอร์เป็นที่รู้จักเป็นพิเศษจากผลงานที่เกี่ยวกับน้ำตาล: ในบรรดาผลงานอื่น ๆ การสังเคราะห์ D-(+)-กลูโคส[7] และพิวรีน (รวมถึงการสังเคราะห์กาเฟอีนครั้งแรก)

ฟิชเชอร์ยังมีบทบาทในการค้นพบบาร์บิเชอริต ซึ่งเป็นยาระงับประสาทที่ใช้สำหรับการนอนไม่หลับ โรคลมชัก ความวิตกกังวล และการระงับความรู้สึก เขามีส่วนช่วยในการเปิดตัวยากล่อมประสาทบาร์บิเชอริตเป็นครั้งแรกร่วมกับโยเซ็ฟ ฟ็อน เมริง แพทย์ชาวเยอรมัน ใน ค.ศ. 1904